这一年，朝鲜、归化城的土默特部章京古禄格、鄂尔多斯部的喇嘛塔尔尼齐、乌朱穆秦部的车臣亲王、席北部的额尔格讷、喀尔喀部的土谢图汗、古伦迪瓦胡土克图喇嘛、石勒图胡土克图、嘛哈撒马谛塞臣汗、厄鲁特部顾实汗子多尔济达赖巴图鲁台吉以及回回国、天方国都前来进贡。

三年春天的正月戊午日，贝勒勒克德浑派遣将领在临湘击败了流贼，进而攻克了岳州。辛酉日，固山额真阿山、谭泰因为犯罪受到处罚，阿山被免职，谭泰被投入监狱。流贼贺珍、孙守法、胡向化侵犯西安，何洛会等人成功将他们击败。金声桓派遣将领在抚州攻击前明朝的永宁王，俘虏了他和他的儿子朱孳荣等人，于是平定了建昌。丙寅日，前明朝的潞安王、瑞昌王率领军队侵犯江宁，侍郎巴山等人成功将他们击败。戊辰日，任命宋权为国史院大学士。己巳日，任命肃亲王豪格为靖远大将军，率领多罗衍禧郡王罗洛宏、贝勒尼堪、贝子屯齐喀、满达海等人率军征讨四川。前明朝的唐王朱聿钊的军队侵犯徽州，洪承畴派遣张天禄等人将其击败，俘虏了他们的阁部黄道周并将其杀害，进而攻克了开化。

二月己卯日，贝勒勒克德浑在荆州击败了流贼，奉国将军巴布泰等人追击到襄阳，几乎将流 贼全部斩杀。大军进至夷陵，李自成的弟弟李孜等人率领其部众前来投降。辛巳日，免除了密云的荒赋。甲申日，废除了江南旧设的部院，派遣在京的户、兵、工三部满、汉侍郎各一人驻守江宁，分别处理部务。乙酉日，明朝鲁王的将领刘福来援助抚州，但被梅勒章京屯泰击败。 何洛会派遣将领在蒲城击败了流贼刘文炳，流贼首领贺珍逃到武功。戊子日，任命柳寅东为顺天巡抚。皇帝命令肃亲王豪格分兵前往南阳，讨伐流贼二只虎、郝如海等人。丙申日，派遣侍郎巴山、梅勒章京张大猷率军镇守江宁，甲喇章京傅夸蟾、梅勒章京李思忠率军镇守西安。潜山、太湖的贼首石应琏拥立前明朝的樊山王朱常阘作乱，洪承畴派遣将领将其击败并斩杀。丙午日，命令贝勒博洛为征南大将军，同图赖一起率军征讨福建、浙江。

三月辛亥日，翻译完成了《洪武宝训》，并在国内外颁布发行。乙卯日，免除了近京居民因田宅被圈给旗人而另行拨补者的租赋一年。 丁巳日，何洛会在山阳击败了贼军刘体纯。己未日，任命王来用为总督，负责山、陕、四川的粮饷供应，马鸣佩为总督，负责江南诸省的粮储管理。乙丑日，赐予傅以渐等进士及第出身，并根据成绩给予不同等级的官职。己巳日，何洛会在商州击败了贼军二只虎，取得大胜。昌平民王科等人盗掘明帝陵，被捕获并伏诛。壬申日，多罗饶余郡王阿巴泰去世。癸酉日，封乌朱穆秦部的塞冷、蒿齐忒部的薄罗特为贝勒，阿霸垓部的多尔济为贝子。豪格的军队抵达西安，派遣工部尚书兴能在邠州击败了贼军，固山额真杜雷在庆阳也击败了贼军。 前明朝的大学士张四知从江南前来投降。

夏季四月的己卯日，皇帝下诏命令贝勒勒克德浑率军班师回朝，孔有德、耿仲明、尚可喜、沈志祥各自统领他们的部队来到京城。甲申日，免除了钱塘、仁和之间的房屋税。乙酉日，命令在今年的八月再次举行乡试，明年的二月再次举行会试。丁亥日，免除了睢州、祥符等四个州县的灾害税赋。 戊子日，废除了贯耳穿鼻的刑罚。癸巳日，废除了明朝末年增加征收的太平府姑溪桥米税、金柱山商税、安庆府盐税。乙未日，免除了静海、兴济、青县的荒赋。丙申日，江西浮梁、余干的贼军与福建的贼军联合侵犯饶州，副将邓云龙等人成功击败了他们 。戊戌日，摄政王多尔衮下令停止诸王大臣的启本（即呈递奏章）。己亥日，任命张尚为宁夏巡抚，并废除了织造太监的职位。

辛丑日，皇帝下谕旨说：“近来我们废除了明朝末年的横征暴敛和苛捐杂税，让百姓得到休息。但是有些贪腐的官吏，因为担心这些政策会损害他们的利益，就销毁了相关的户籍资料，这导致朝廷的恩德无法深入民间，明朝的弊端也没有得到彻底的整治。因此，我命令大臣们严格审查核实，并命令相关部门详细制定赋役全书，颁行天下。”同时，谕旨还命令淘汰府县的冗员。甲辰日，开始修缮盛京的孔子庙。

五月的丁未日，苏尼特部的腾机思、腾机特、吴班代、多尔济思喀布、蟒悟思、额尔密克、石达等各自率领他们的部落叛逃至喀尔喀部的硕雷。皇帝命令德豫亲王多铎为扬威大将军，同承泽郡王硕塞等人率领军队联合外藩蒙古兵讨伐他们。四子部的温卜、达尔汉卓礼克图、多克新等人追击并斩杀了吴班代等五台吉。 庚戌日，重申了隐匿逃人的法律。戊午日，金声桓攻克了南赣，俘虏了他们的主帅刘广胤。辛酉日，豪格派遣巴颜、李国翰在延安击败了贼军。壬戌日，前明朝的鲁王、荆王、衡王的世子等十一人图谋叛乱，被伏诛。癸亥日，任命叶克书为昂邦章京，镇守盛京。豪格派遣贝勒尼堪等人在鸡头关击败了贼军贺珍，进而攻克了汉中，贺珍逃往西乡。乙丑日，贝勒博洛派遣图赖等人在钱塘击败了前明朝鲁王的将领方国安。鲁王朱彝垓逃往台州保命。庚午日，官军到达汉阴，流贼二只虎逃往四川，孙守法逃往岳科寨。巴颜、李国翰追击延安的贼军至张果老崖并击败了他们。辛未日，免除了沛县、萧县元、二年荒赋的一半。

六月戊寅日，免除了怀柔县的荒赋。丙戌日，禁止了白莲教、大成教、混元教、无为教等邪教。壬辰日，任命高士俊为湖广巡抚。乙未日，张存仁派遣将领擒获了前明朝的大学士马士英和长兴伯吴日生等人，并将他们斩首。