在秋天的七月，首先进行了太庙的祭祀活动。然后，皇帝任命贝勒勒克德浑为平南大将军，与固山额真叶臣等人一同前往江南，接替多铎的职务。为了表示对明太祖的尊重，设置了四名守陵太监，并分配了二千亩的祀田。不久后，明东平侯刘泽清率领他的部下投降了。

在人事方面，刘应宾被任命为安庐巡抚，土国宝为江宁巡抚，而谢弘仪则被派去招抚广西。皇帝还下令，军民在服饰上必须遵守国家的规定。同时，何鸣銮被任命为湖广巡抚，高斗光为偏沅巡抚，潘士良则负责郧阳的抚治工作。皇帝还向上太祖武皇帝、孝慈武皇后、太宗文皇帝在太庙中供奉了玉册玉宝。

为了减轻百姓的负担，皇帝决定免除西安、延安等地的部分税收。同时，西平地区的叛乱首领刘洪被诛杀，汝宁的州县都得以平定。黄河在兖西决堤，但新的月堤被迅速筑起以防止进一步的灾害。

在八月，皇帝又免除了霸、顺义等八个州县的灾害赋税，以及彰德、卫辉、怀庆、河南各府的荒赋。英亲王阿济格在战争结束后回到朝廷，皇帝根据战功赏赐了外藩王、台吉、将佐等人。同时，由于金声桓的投降，他成功讨伐了故明益王，并俘虏并处决了王养正等人。然而，因为阿济格在出征中有过错，他的爵位被降为郡王，谭泰也被削去公爵，降为昂邦章京，而鳌拜等人则受到了不同程度的处罚。

九月，故明鲁王的将领方国安和王之仁侵犯杭州，但被张存仁击退。为了加强江西的防务，皇帝派遣了镇国公傅勒赫、辅国公札喀纳等人率兵前往。随后，故明怀安王投降了清朝。不久后，故明新昌王占据云台山并攻击兴化，但被准塔击败并斩首。为了恢复农业生产，皇帝决定将河间、滦州、遵化的荒地分给八旗耕种，并将故明勋戚内监的余地也分给八旗。最后，田仰侵犯福山，但被土国宝击败。在江西的南昌等地，十一个府都被平定。

十月癸未日，皇帝任命马国柱为宣大总督。戊子日，前明朝的翰林金声接受唐王的命令，在徽州起兵，兵力达到十余万。然而，洪承畴派遣的提督张天禄在绩溪连连击败他们，捕获了金声。金声不屈服，最终被杀害。此时，前明朝的唐王朱聿钊占据福建，鲁王朱彝垓占据浙江，马士英等人则渡过钱塘江结营抗命。庚寅日，皇帝免除了宝坻县的荒赋。壬辰日，又免除了太原等府州的灾赋。癸巳日，豫亲王多铎率军返回，皇帝亲自到南苑迎接并慰劳他。丙申日，任命苗胙土为南赣巡抚。乙巳日，太宗的次女固伦公主下嫁给察哈尔汗子阿布鼐。丙午日，任命申朝纪为山西巡抚，李翔凤为江西巡抚，萧起元为浙江巡抚。戊申日，加封和硕豫亲王多铎为和硕德豫亲王，并赐予随征的王、贝勒、贝子、公以及外藩台吉、章京等人不同等级的金币。同时，命令孔有德、耿仲明返回盛京。

十一月壬子日，任命张存仁为浙闽总督，罗绣锦为湖广四川总督。癸丑日，前明朝的大学士王应熊、四川巡抚龙文光请求投降。甲寅日，任命吴景道为河南巡抚，命令巴山、康喀赖为左右翼，与洪承畴一同驻防江宁，朱玛喇驻防杭州。同时，贝勒勒克德浑率领巩阿岱、叶臣等人讨伐湖广的流贼二只虎等人。己未日，朝鲜国王李倧请求立其次子淏为世子，皇帝准许了。丁卯日，朱玛喇在余杭击败了马士英，和讬在富阳击败了方国安。然而，士英、国安又窥视杭州，但被梅勒章京济席哈等人击退。戊辰日，任命何洛会为定西大将军，派遣巴颜、李国翰率领军队与他会合，讨伐四川的流贼张献忠。戊寅日，任命陈之龙为凤阳巡抚。

十二月己卯朔日，出现了日食现象。乙酉日，前明朝的阁部黄道周侵犯徽州，洪承畴派遣张天禄击败了他。同时，前明朝的总兵高进忠率领其部下从崇明来投降。癸巳日，佟养和、金声桓进兵讨伐福建，并分兵攻打南赣，击败了前明朝的永宁王、罗川王、阁部黄道周等人的数十万大军。丙午日，朝廷更改了朝仪，开始禁止内监朝参。丁未日，朱玛喇等人在浙东击败了方国安、马士英。固原的贼人武大定作乱，总兵官何世元等人战死。