秋季七月甲申日，黄河在淮、扬地区决堤。

闰七月戊戌日，敏妃张佳氏去世。她的儿子诚郡王胤祉，因为不满百日就剃发，被降为贝勒。癸丑日，之前，苗贼黄明多次报告捕获或死亡，但仍报告有犯事。到这时，皇帝派官员调查，并将他和他的同伙陈丹书、吴思先等三十余人诛杀。对于奏报不实的督抚麻勒吉等人，分别给予降职或罢免的处罚。皇帝巡视塞外。

九月丙午日，皇帝回京。丙辰日，皇帝御经筵。改任扬岱为满洲都统，鲁伯赫、拖伦、崇古礼都任蒙古都统。戊午日，大学士阿兰泰去世，皇帝深感惋惜，派皇长子胤禔去看望病情，并赐予祭奠和加祭，谥号文清。

冬季十月癸酉日，皇帝巡视永定河工。庚辰日，皇帝回宫。大学士李天馥去世，赐予祭葬，谥号文定。

十一月乙巳日，皇帝谒陵。壬辰日，任命马齐、佛伦、熊赐履、张英为大学士，陈廷敬为吏部尚书，李振裕为户部尚书，杜臻为礼部尚书，马尔汉、范承勋为兵部尚书，王士禛为刑部尚书。壬寅日，命令满、汉给事中各四员侍班。丙午日，命令宝源局收买废钱。

十二月戊辰日，皇帝回京。癸巳日，举行祫祭太庙的仪式。

这一年，免除了直隶、江南、江西、浙江、福建、陕西、湖广等省七十三州县的灾害赋税，有所减免。朝鲜、琉球入贡。

在三十九年的春天正月，朝鲜国王李焞因为送回了难民并献上贡品，但皇帝将这些都退还了回去。皇帝还亲自去视察了永定河的工程。

二月，皇帝乘船去考察了郎城、柳岔等地的水道，因为水浅，他换乘了小艇继续前进，并指示了修河的方案。随后他返回了京城。在京城里，他命令内大臣费扬古和伊桑阿对宗室子弟进行骑射考试。

三月，皇帝亲自参加了经筵（一种古代皇帝和官员共同学习的制度）。他拒绝了吏部关于安徽巡抚李鈵被参一案的提议，因为他认为将军和提督不应该涉及民事。他还改任了张鹏翮为河道总督，并同意了张鹏翮关于河道工程的建议。此外，他还赐给了汪绎等三百一十人不同等级的进士及第和出身。因为四川巡抚和提督互相攻击，皇帝派遣官员去调查，结果两人都被削职。

夏天，皇帝再次视察了永定河，并命令八旗兵丁协助开河。他还亲自视察了子牙河，然后返回了京城。

五月，他任命阿山为江南江西总督，阿灵阿为蒙古都统。

六月，张鹏翮报告说修浚海口的工程已经完成，河流变得顺畅，并建立了海神庙。他还停止了宗室的科举考试。

秋天，皇帝对喇嘛商南多尔济所报告的策旺阿拉布坦派兵前往青海的事情表示了关注，并指示要密切注意此事。他还对翰林官的俸禄进行了调整，并赐予了已故的振武将军孙思克谥号“襄武”。皇帝还亲自前往塞外巡视，并命令一些大臣详细讨论科举考试的事宜。

八月，皇帝抵达了齐老图。

九月，他下令停止今年的秋决（一种秋季执行的死刑），并命令张鹏翮专门负责河工事务，同时撤回了其他九人的职务。有官员建议禁止奢侈的消费，但皇帝表示只要这种奢侈不在康熙十年之后就行。

十月，为了庆祝皇太后的六十岁生日，皇帝亲自写了一篇《万寿无疆赋》，并制成围屏作为礼物进献。 他还亲自视察了永定河，并在之后返回了京城。他还决定，今年那些未补官的科道官员，将作为额外的御史，参与议事。

十一月，皇帝命令青海的鄂尔布图哈滩巴图尔移驻宁夏，并派遣侍郎温达去查看陕西和甘肃的驿站。此外，他还命令大臣和清要官的子弟在应试时编入官号，并限制录取名额。最后，他还亲自前往边外巡视，并命令表现优异的官员按例引见。当月，四川打箭炉的土蛮发生叛乱，皇帝派遣侍郎满丕和提督唐希顺去讨伐。