接下来的几天，攻城之战激烈展开。但现在是多雨季节，朱然军队的火炮并没有发挥应有的效果。战争进行的很艰难，只有等雨水停下来时才见到特别的功效，才有明显的进展。

陆宋岛居住有很多华人移民，但更多的是土着人。因有前期的不堪经历，并不见得所有的华人移民都支持朱然的军队。本地土着人似乎已习惯佛朗机人的统治，对前朝国王的感情也淡了很多，所以以王子的号召力并不大，很多本地土着人都把朱然这些外来军队视为侵略者。

就这样磕磕碰碰打了大半个月，还没攻下玛尼拉城，玛尼拉城是本岛最大的城市。反而是郑保仔的野路子队伍，打得比较顺利，他们自北往南进攻，约在下半月时间，已提前到达玛尼拉城外，和朱然的队伍会师了。

两支队伍的会合进攻，给了城内佛朗机人极大的压力。很快，城内的佛朗机人派人出来要求谈判议和。

朱然召集各个将领及谋士开会商讨对策。

朱然说：“佛朗机人初步的条件是他们撤出玛尼拉城，让给我们，但是我们的军队不能再南下，双方划线而治。大家觉得如何？”

陈也俊发言说：“他们在城内，后勤供应不上，特别是火炮。这是缓兵之计。”

朱然说：“我们也面监着同样的问题，双方僵持着，相互内耗，我们也耗不起。最主要，我们是客场，他们是主场，我们还没适应这里的夺雨天气。我们不能靠消耗人命来赢得战争的胜利。”