星际联盟的最高军事决策机关。拥有常备军的甲级成员星球各派一名代表为委员，多数是该星球的前武装部队司令官或参谋长。委员会主席从成员们互相投票选出，任期三年，可以连任一届。他们也是因为联合维和任务和三大势力军事交流而和两大势力合作的最频繁的委员会。
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星际联盟司法委员会(inter-stellarnationscourtofjustice(ista-coj))
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星际联盟的最高司法机关，类似地球的国际法庭，专门审讯跨星际罪犯。委员们全是成员星球的前任大法官或司法首长。委员会主席从成员们互相投票选出，任期三年，可以连任一届。当两大势力需要一个中立的法官主持联合公审时也会向该委员会申请。
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星际联盟执法委员会(inter-stellarnationslawenforcementcommittee(ista-lec))
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星际联盟的执法机关。类似国际刑警的机构，但是在星际联盟的成员星球的领地拥有执法权。属下的前线执法人员被称为调查专员。名誉主席为其中一名成员星球的退休警察总长或内政首长，由秘书长推荐给联盟大会批准。任期5年，不可连任，也没有军衔。实际领导为秘书长，由名誉主席从资深专员们选出一人出任，军衔为上将，也是星际联盟执法委员会唯一的上将。任期7年，可以连任一届。这个委员会特别的地方就是成员没有普通人，全是兽化师，法师或有特殊能力的人类。除了执法之外，他们也拥有监管成员星球官员的权力。可以以渎职罪名直接逮捕官员，但是国家元首和政府首脑则必须有联盟大会的批准方可拿人。
魅影部队(negotiumvisphantom(nvp))：
星际联盟执法委员会属下的特种部队，又称星鬼。专门执行在成员星球上的隐蔽行动。虽然星际联盟从来没有正式承认他们的存在(成员编制和星际联盟执法委员会其他调查专员无异)，但是他们替星际联盟做的事情却是有目共睹。
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星际联盟经济发展委员会(inter-stellarnationseconomicdevelopmentcommittee(ista-edc))
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星际联盟的经援机关。委员们全是成员星球的退休财政部长或主要企业的退休财政总监。委员会主席从成员们互相投票选出，任期三年，可以连任一届。除了帮助成员星球发展经济，也是整个星际联盟的财政机构。他们会提供一种临时货币星际洋圆(inter-stellarsilverdollar(isd))来帮助那些受到惡性通膨影响的成员星球或受到战火摧残的星球。汇率固定在在1宇宙银元对500星际洋圆。但是如果星球政府想要占便宜的话委员会会向中央管委会和联盟大会提议通过提早选举或暗中发动大规模反政府示威游行来换掉该星球的政府。
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星际联盟人道援助委员会(inter-stellarnationscommitteeforhumanitarianaid(ista-cha))
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星际联盟里唯一一个完全由志愿者组成的机关，是所有成员星球最大的慈善机关共同建立。由联盟主席兼任该委员会的名誉主席。秘书长则由成员慈善机关的领导们中互相投票选出，任期三年，可以连任一届。他们到处为落后或陷入战争的星球提供人道援助，如医疗，教育，基础建设等。他们也受到了万兽天朝或泛贸商盟的保护和关注，两大势力甚至规定不得攻击佩有他们标记袖章的人员或建筑，违背者将会被控上军事法庭。